靠前、微波食品產生致癌化合物。曾有研究表明，微波過的肉類會產生致癌物;牛奶、水果、麥片中的氨基酸也會在微波后轉化為致癌物;蔬菜中的植物生物堿同樣會在微波后轉化成致癌物危害我們健康。有些塑料在受熱的時候可能會釋放出一些有害的成分。美國食品藥品管理局(FDA)測定了各種塑料容器在正常微波爐加熱中可能釋放到食物中的有害物質的量，要求這個量低于動物實驗確定的有害劑量的百分之一甚至千分之一，才可以標注為“可微波加熱”。所以，對于那些標注為“可微波加熱”的合格塑料容器，是相當安全的。如果不放心，還可以使用陶瓷或者玻璃容器。

第二、食物營養嚴重流失。微波爐烹煮的食物會使蔬菜中的礦物質、維生素及營養成分極大的減少，或轉變成致癌物。

第三、身體會暗中產生一定的變化。如荷爾蒙失調，淋巴和消化系統紊亂，血液和免疫力異常，情緒低落、記憶退化，較久性腦損傷，甚至還會引發心臟病。

同時，若微波爐使用不當也會發生安全事故。較常見的以下兩類事故：

1，液體過熱。微波加熱時由于水不流動，只是溫度升高，有可能超過了沸點還“不開”，出現過熱現象。這個時候的水只要有一點擾動，就會猛烈沸騰，容易發生燙傷事故。越干凈的容器和越干凈的水，越容易發生這樣的事故。

2，雞蛋爆炸。微波爐不能加熱雞蛋，因為雞蛋內部過熱會產生較大壓力，受到到外界干擾，壓力釋放，可能會發生爆炸。